Nakon razdoblja normalnog rada, membrana element je kontaminirana suspendirane krutine ili refraktornim tvari koji mogu biti prisutni u napojne vode. U standardnim uvjetima performanse sustava smanjila za 10%, ili očito pojave skaliranje ili obraštaj, to treba odmah očistiti. Redovito obavljati vodi isprati i doziranje kemikalija za vraćanje izvedbe membranskih elemenata i produžiti život membrana element.
Sustav treba isprati sustava svakih 5 dana u kratkom roku, i zatvorio ventil nakon ispiranje kako bi se spriječilo začepljenje.
Sustav dugoročno struje (više od 30 dana), dodati 1% natrijevog bisulfita rješenje kako bi spriječio rast bakterija.
